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TCHはありませんか？
ネットで調べて対策まで行ってみてください。
また筋・筋膜性疼痛というものがあります。
TCHと関連してると思われますが、首や頭など筋肉の凝っているところがあれば、そういうものが原因で痛みになることがあります。
レジンの下のむし歯の可能性ですが、視診とレントゲンで問題ない場合でもひびが入ってるとい可能性はあります。
ただ全く何もなく削ったことによって余計に痛みが出る可能性もあります。
ですから何もない状態で削るのはためらわれるのでしょう。

原因がわからない場合ですが、詰め物を外して一度仮の詰め物にして経過を見てみるのも一局かと思います。

痛みがあるのであれば原因を見つけることが大切です。
レジンを外すというのも一つの方法ではあります。
また、神経を抜くという提案をする歯科医師もいるでしょう。
別の歯科医院でご相談するのも良いかもしれません。